Николай Стойков завършва БДК (дн. НМА “проф. П. Владигеров”) с композиция при проф. П. Владигеров през 1971 г. Специализира в Московската консерватория при Ю. Холопов, Е. Денисов и Д. Шостакович. От 1972 г. е преподавател във ВМПИ/АМТИ ­ Пловдив. През 1976 г. основава специалността “Музикален фолклор, народни инструменти и пеене”, която утвърждава и ръководи досега.

Той е автор на 15 пособия с обработки на песни и оркестрова музика за нея. Преподава още хармония, композиция и оркестрация. От 1987 г. е професор.
Николай Стойков е автор е на симфонична, камерна, хорова музика и др. Творчеството му претворява разнообразието в българската фолклорна музикална песенност и ритмика. Негови произведения са изпълнявани в Англия, Холандия, Германия, Русия, Япония, Полша, Чехия, Белгия и др. С хоровите му песни “Калугерине” и “Урок по гъдулка” редица български хорови колективи са спечелили над 30 международни награди на авторитетни хорови конкурси, сред които в Талин (1975 г.), Корк, Ирландия (1976 г.), Ланголен, Англия (1976 г.), “Бела Барток”, Унгария (1979 г.), “Варшавска есен”, Полша (1981 г.), Арецо, Италия (1982 г.), Гориция, Гърция (1983 г.) и др.
Носител е на наградата за музика “Пловдив” (1972, 1997 г.) и др.
През 1996 г. Николай Стойков е председател на жури на Международния конкурс за клавирни дуа в Токио, Япония, както и много други. Има 2 авторски грамофонни плочи и CD.

Произведения за симфоничен оркестър:
Парафрази:

Парафраза №1 “Бързата” (1997 г.);
Парафраза №2 “Надсвирване” за 2 саксофона и оркестър (1998 г.);
Парафраза №3 “Капричиозо” за флейта, виолончело и оркестър (1998 г.);
Парафраза №4 (1999 г.);
Парафраза №5 (2002 г.).

Концерт за пиано и оркестър (1990 г.).

Камерна музика:
“Дитирамби” за ударни инструменти (1979 г.);
“Трио-серенада” за кларинет, пиано и ударни (1982 г.).

Сонати:

Соната за цигулка и пиано №1 (1974 г.);
Соната №2 (1997 г.);
Соната за флейта и пиано (1975-­76 г.);
Соната за 2 виолончели (1978­-81 г.);
Соната за кларинет и пиано (1983 г.);
Соната за соло виолончело (1990 г.);
Соната за арфа и пиано (1995 г.).

“Книга за изпълнителя” –­ пиеси за соло инструменти в 2 тома (1972-­1990 г.)

За пиано:

“Прелюдии” ­– 2 тетрадки за пиано (1980-­90 г.);
“Старият албум” за 2 пиана (1982­-87 г.);
“Български танци” –­ 3 тетрадки за пиано на 4 ръце (1990, 92, 93 г.) и др.

Хорова музика:
“Щурче ­свирче” –­ песни за детски хор (1969­-90 г.).

“Ала-бала-ница” –­ дивертименто №1 за детски хор и ударни (1978 г.).