Бащата на Хераклит Несторов е българин, а майка му е писателката Елза Асениева, германка. Хераклит Несторов учи композиция в Академията за музика във Виена при Далкрьоз и Бонети (1912­-15 г.).

При обявяването на Първата световна война известно време живее в София и създава някои свои творби. През 1920 г. се установява във Виена, където за кратко време е диригент на Виенската филхармония и опера.

От 1921 г. е цигулар във Виенската филхармония и същевременно активно композира.

Убит е по време на бомбардировките в Берлин. Точната дата на смъртта му не е известна.

Хераклит Несторов е автор на значителен брой оркестрови и камерни произведения; пиеси за пиано; песни; театрална музика и др.

Стилистически творчеството му е свързано с френския импресионизъм.

Произведения за симфоничен оркестър:
Четири симфонични поеми.

“Фантазия” за цигулка и оркестър

Камерна музика:
Струнен квартет;
Пет пиеси за струнен квартет.

За пиано: “Епизоди”.

Вокална музика: Песни за глас и пиано.